https://jp-minerals.org/vesta/jp
VESTAは結晶の構造を原子レベルで描くことのできるフリーソフトです。上記のサイトからVESTAをインストールできます。
e.g1 分子の作成
今回はxyzファイルから作成していきます。ファイル形式によって内容が異なるのでご注意ください。まず、二酸化炭素分子を作成しましょう。二酸化窒素の分子は直線型で炭素-酸素間距離はです。メモ帳を開き、以下のように記入してください。
記入が終わったら保存して閉じます。この時、拡張子を.xyzにしてください。このファイルをVESTAで読み込むと二酸化炭素分子ができていることがわかります。
以下にそのほかの分子の場合の座標を書いておきますのでぜひ、挑戦して見てください。
e.g2 スラブの作成
まず、結晶構造データを読み込みます。以下のサイトのデータベースが有名です。
読み込んだ後、表示範囲を変更します。
からスラブ表面の面を切り出します。
作成したファイルをメモで開き、セルの大きさを変更しファイルを保存します。
これでスラブモデルの完成です。